После победы над Боузером и спасения Бруклина Марио сталкивается со злобным альянсом Варио и Боузера-младшего. Теперь вместе со своими друзьями и Йоши он должен помешать их планам по завоеванию мирового господства.

Взвод морпеха Джеймса Риса при выполнении тайной операции попал в засаду и был уничтожен. Рис — единственный выживший — возвращается домой с противоречивыми воспоминаниями о случившемся, а последующие события вынуждают

Недалёкое будущее, уровень преступности, караемой смертной казнью, резко возрос. Детектива обвиняют в совершении тяжкого преступления, и он вынужден доказывать свою невиновность.